本故事以被武力和恐怖支配的本能字学院为舞台，以为父报仇的转校生少女为中心， 围绕着在学园中“执牛耳者”的学生及学生会四大天王间的激战故事展开。缠流子和鬼龙院皋月，两人为本作的主人公。在本作中，皋月用极制服的力量支配着学园， 而流子为查明父亲死亡的真相而与皋月对抗。在这由力量支配的学园中，由于手持片太刀铗的转校生的到来，引起了动乱， 这一场各个能力者均被打倒的故事因此而开始！

故事的舞台是离今稍微远点的未来。 　　世界上正流行这一种感染后在60天之内就会石化，死亡率高达100%的奇病“美杜莎”。为了在未来寻求这种在全世界爆发的不治之症的治疗方法，于是决定将Cold sleep（冷冻睡眠，简称CS，是指将人体保存在低温状态让人保持沉睡的状态，防止人的身体随着时间老化的一种方法。多见于SF作品之中。）投入实用了。少女霞从众多的人中脱颖而出成为了世界上仅有的160个拥有CS资格的人。他们在苏格兰的古城中制造出来的Cold sleep capsule center（冷冻睡眠胶囊中心，简称CSCC，如字面上的意思进行冷冻睡眠的地方。）中进入了不知道何时才会醒来的长眠。霞想着肯定再也无法与和自己同样感染了“美杜莎”却没有被选上的双胞胎姐姐见面了，眼泪不禁的流落了下来……

　在被称作ロストアルテミス的月之崩坏之后，经过数百年，复兴历107年的地球，为了防止月的碎片对地球的伤害，iDOL(去陨石重型机器人)不停的工作着。而能够操纵IDOL的是被选拔出来的被称为iDOL MASTER少女们。她们的使命就是一边继续每天的学业生活一边乘坐IDOL，把要掉落到地球的陨石在大气圈外破碎。少女们是怎样成长为MASTER的?