本剧根据徐克执导的3D武侠电影《龙门飞甲》改编，延续了龙门客栈的传奇，结合了宫闱之争的秘史，既是一场刀光剑影，尔虞我诈的乱世江湖，又是一段腥血雨，勾心斗角的深宫谍影。

20世纪30年代上海滩，叶飞的父亲魔术世家锦荣班班主叶锦 荣因挑战德国魔术师胜利后被其他魔术班排挤迫害含恨而终，叶飞北上拜在名师门下学成之后回到上海为父报仇。之后得上海黑帮老大之女萧瑶倾慕。抗战爆发，叶飞与黑帮联手截获日军大批军火送给共产党，萧瑶也因保护叶飞身亡。叶飞报仇后逃到重庆参加文艺义演为前线募捐，在一次前线演出时与鬼子遭遇，队长李蓉冒死救出重伤的叶飞，两人组成了家庭。

1941年太平洋战争爆发以后，穿过山东境内的津浦铁路成为日军在中国大陆最重要的战略交通线之一。在津浦铁路枣庄段周边，活跃着一支民间抗日游击队，这支游击队主要由枣庄火车站的几名铁路工人组成，队长叫马原，是火车站的搬运工工头。他们白天在日本人占领并管理的火车站干活，晚上出来秘密活动，利用对铁路线的熟悉以及扒火车、开火车的特殊技能，以一支小小的游击队跟大批装备精良的日本正规军周旋较量，造成了非常大的影响，当地老百姓给这支队伍起了一个响亮的名头，叫铁道飞虎队。

狮王（郑伊健 饰）、火山（陈小春 饰）、Bill（谢天华 饰）、淡定（钱嘉乐 饰）、老鼠（林晓峰 饰）五个出生入死的兄弟，在恩师曹sir（曾志伟 饰）的带领下，为了救济儿童而偷取特效药，却惨遭设局，陷入枪林弹雨的险境之中。兄弟们抱着视死如归的豪情，展开一连串的追查与激战。他们明白，即使无法活着回来，也比一人活着痛快！

影片讲述了从小在美国长大的林秋楠（林秋楠 饰）带着“超级英雄梦”回到中国，和舅舅袁来（刘芮麟 饰）共同生活并一直相信自己可以照顾好“脆弱舅舅”。但他独特的思维方式和一身的功夫反而给自己的校园生活和舅舅的恋情添乱。他又在不知觉中卷入一桩国际罪案，一场惊心动魄的对决难以避免 ……