樱咲学园是一所寄宿制男子高中，众帅哥汇聚于此，引得少女们的疯狂追逐。某日，学校里来了位美国来的转学生芦屋瑞稀，可是谁也不知道这个“他”竟然是女扮男装！其实瑞稀千里迢迢从美国而来全是为了一个人：佐野泉。佐野曾经救过瑞稀，但是却意外受伤，后来还放弃了跳高事业，整个人充满了颓废气息，内疚的瑞稀就是回来“拯救”佐野的。在帮助佐野重拾跳高的过程中，瑞稀还结识了许多好朋友：可爱率真的秀一、花心风流的难波南、充满神秘气息的萱岛大树等等，瑞稀和他们共同谱写了一曲最美妙的青春乐章。

这是一个围绕着小提琴、有关父与子的故事… 这一次的敌人是以生命能量为食而生存的吸血鬼族中的Fungaia。与之战斗的人，便是在继承自父亲的工坊中制作小提琴的红渡。尽管依靠腰带的力量，他变身为假面骑士牙，但是对于自己为何能变身，为何不得不战斗，现在还尚未可知。然而，实际上，与Fungaia战斗的并非只有渡一个人。22年前，渡的父亲——音也已经从那时开始与猖獗的Fungaia战斗。 故事一边将渡所在的现在、以及22年前——年轻的音也结婚并生下名为渡的孩子之前——紧密地联系起来，一边发展。 22年前，音也未能铲除的Fungaia不断繁衍，并出现在现代的日本。渡化身为假面骑士牙，将其打倒，并以此形态将过去与现在相连。 然而，存在的并不仅仅只是双眼所能看到的形态。在各个时代生存着的人们的命运，将会与怎样的形态相连呢？为什么Fungaia的出现，会威胁到人类的存在呢？身在其中的渡和音也所背负的命运又是…？ 各种各样的人物，生活在各种各样的时代，故事正在发展。知道这2个时代的人，只有2个…那就是将Fungaia Hunter组织化的岛，以及22年前开始经营咖啡店「Coffee Mall Damour」的木户师傅。沉浮于2个时代的人们，掌握着他们命运关键的，是这2个人，还有父亲所留下的小提琴…！？