距离假面骑士圣刃与各位剑士携手战斗保护世界，已经过去了8年。世界一派祥和宁静，众人都找到了自己的归宿与梦想。主人公神山飞羽真收养了8年前突然出现在书店门口的孩子——小陆；伦太郎与芽依打打闹闹，关系亲密；贤人有了一份翻译的工作，并和女朋友结菜谈婚论嫁中。但最近怪事频发，不断有剑士消失，身边人也想不起来他们的身影，这一切都和无铭剑虚无有关。原来是剑士们曾经的战斗波及了许多无辜的人，所以伦太郎的父亲篠崎真二郎、贤人的未婚妻结菜、飞羽真的好友间宫陆，决定复仇，让剑士消失。他们篡改了人们的记忆，渐渐抹去剑士的痕迹。但直到最后才发现，一起相处的时光无比美好，足以消弭仇恨。最终大家的记忆恢复，众人放下了仇恨，迎接美好的未来。

破灭之书有着可以毁灭世界的力量。当世界被书的力量吸收时，一切将会完全化为虚无。书内还有着两条特殊的神兽。飞羽真最终将巴赫特击败，并封印回破灭之书。但一个神秘人拿走了破灭之书，带回了南区基地内。封印的破灭之书，被神秘的不死剑士解开了封印。黑暗从书中源源涌出，瞬间，现实世界与奇幻世界被吞噬于虚无之中，消灭殆尽。飞羽真，还有真理之剑的剑士们为了阻止世界被毁灭，与不死身剑士展开决战！世界迈向终结，飞羽真等人的命运又将如何？！

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丹顿残党妄图干扰人类世界，马拉、卡米尤与罗贝斯将深海花音从眼魔世界带出，想利用她实现丹顿的野心。然而天空寺尊接到消息后火速赶来，激烈的战斗过后，花音独自逃脱，来到外界寻找哥哥深海诚。天灾发现花音是人造人，因此十分感兴趣，想要认花音当妹妹。两人纠缠之际，假面骑士圣刃，也就是神山飞羽真正好经过，仗义出手和天灾打了起来。随后众人发现看似柔弱的花音实力深不可测，连天灾都在她手上吃了亏。几经周折过后，罗贝斯、天灾、飞羽真还有尊四方势力狭路相逢，飞羽真与尊分别变身为假面骑士圣刃与假面骑士灵骑，两人携手作战，最终战胜了罗贝斯与天灾。尊向花音承诺，一定会帮她找到哥哥深海诚，花音便放心跟着谢贝尔走了。然而在回大天空寺的途中，马拉与卡米尤突然出现，再次劫走了花音。