当米里亚姆（蕾雅·德吕盖 饰）跟丈夫安托万·北松（德尼·梅诺谢 饰）离婚后，她希望12 岁的儿子朱利安（托马斯·吉奥利亚）能够远离拥有暴力倾向的父亲，故向法庭申请单独扶养权。然而安托万成功在庭上说服法官，法官最终判处双方拥有共同监护权。大受打击的米里亚姆除了要接受未如所愿的裁判外，还要提防前夫别有用心的父亲。面对水火不容的双亲，身处夹缝中的朱利安不得不想尽一切办法，阻止家庭危机。

卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德 饰）在死刑即将执行之前清醒过来，发现他被索菲娅（玛丽昂·歌迪亚 饰）选中，来参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆，被绑在机器上之后，卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔，他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦（杰瑞米·艾恩斯 饰）施加的压力下不情愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落，威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行穆萨（迈克尔·威廉姆斯 饰）暗示了卡勒姆·林奇，提醒他艾伦有可能动机不纯之后，卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机，而人类自由意志的命运也变得悬而未决……