手段无情冷酷的正义使者惩罚者卡斯尔（布莱恩·布鲁姆 配音）在追查军火贩子该隐（Kyle Hebert 配音）时遇到了黑寡妇（詹妮弗·卡朋特 配音）和神盾局指挥官弗瑞（John Eric Bentley 配音）。神盾局志在防止他们所开发的尖端武器技术被利维坦等恐组织获取，因此急需沿着该隐这条线找到失窃的技术资料。崇尚个人主义的卡斯尔最终接受弗瑞的建议，和黑寡妇组成了临时搭档。然而卡斯尔绝不会轻易听从他人的安排，行动中他执意抓住作恶多端的该隐，为此和黑寡妇争执迭起。另一方面，黑寡妇则意外邂逅曾经在神盾局并且应该早已死去的恋人艾利阿斯（Grant George 配音）。从对方口中，她得知了利维坦正在进行的可怕计划。

利拉来到纽约寻找艺术之路暂住本杰明家，见证了本杰明和玛丽及其女儿幸福生活，并最终完成了自己的艺术作品，回到了她母亲身边。

人类公主被巨人绑架，人类与巨人的长期和平局面被打破，一个年轻的农夫杰克（尼古拉斯·霍尔特）被派往巨人国拯救公主。

影片围绕间谍小说作家叶利·康韦（布莱丝·达拉斯·霍华德 饰）的作品展开。叶利的小说讲述神秘特工阿盖尔（亨利·卡维尔 饰）及其瓦解全球间谍集团的任务，而小说中的情节却意外开始与真实间谍组织的秘密行动出现惊人 的一致。在特工艾登（山姆·洛克威尔 饰）的陪同下，叶利带着猫咪阿尔菲穿越世界，竭力赶在间谍组织的杀手们行动之前化解危机，此时小说的虚构世界与现实之间的界限开始变得模糊不清，随之而来的是一场跨越全球的冒险。

继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物，并深刻影响了人类世界的命运。