- 故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中。另一方面，柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一 配音）的电话，被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相，柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中，进入设施内部。之后，在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内，发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架，而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里。
- 入间和问题儿童班等人课题所经历的新试炼――那就是一年级最终实绩战斗，进入魔界巨大丛林中确保食物的竞技“收获祭”！班级的同伴都互相成为了肉搏战与谋略战的对手！？带着弓展现出凛然表情的入间，以及掌握着入间成长钥匙的新角色「巴巴托斯·拨子」闪亮登场。和问题儿童们站在一起被谜团包围的一年级生「欧若博思·可可」，将在收获祭成为问题儿童们的对手！？少年魔王决定战，收获祭即将开始！！
