超人联盟缴获了一个预言球，预言球预言星星球谜瑞岛的人鱼公主会变成泡沫消失，并引起星星球海洋危机。五超人接到超人联盟的任务，前往谜瑞岛人鱼部落阻止预言发生。没想到魔法师乐呵呵还是夺走了人鱼公主的歌声，让人鱼公主变成了泡沫，超人们未能阻止预言的发生。最后不放弃的超人们合力打败了乐呵呵，救回了已经变成泡沫的人鱼公主，同时拯救了海洋世界。

五超人在执行任务中，意外发现体内暗藏了能控制他们的程序代码，在调查过程中，超人们发现所有的线索都指向了宇宙开发集团-五金公司。超人们为了解开谜题，踏上了寻找真相之路，五金公司的阴谋也逐渐浮出水面。原来，五金公司曾经拥有过诞生超人们的超能机械石，并试图将超人改造成为自己的武器，从而称霸宇宙。超人们得知真相后，合力摧毁了五金公司，解决了宇宙的危机。

宇宙中的神秘组织似乎对能源核感兴趣，然而五位超人在拯救星星球时失踪了，黑暗势力悄然来袭，谁能承担起守护能源核的重任？

本剧主要讲述了超人们要加入超人联盟考核过程中发生的事，同时伽罗外出研究能源核的秘密。剧情上，本季首次采用了双线交织的方式；人物上，本季不仅有白连发、玖、波波、汉克等新人物的加入，还有断刀流、少龙、张郎、亦菲等老人物的回归。

一次意外，使超人们通过时光机回到了过去的宅家，他们看到了宅博士之父宅在佳，也看到了小时候的宅博士。超人们并不知道，跟着他们穿越回来的，还有另外一个人......在超人们回到的这个世界，小小怪竟然成了上司，而他的下属，竟是大大怪……