孙悟空打破太上老君的炼丹炉，碎片落入龟兹国内，形成火焰山。不仅带来了永不熄灭的山火，还无意中打开了妖魔封印，魔王“心魔”趁乱混入人间。梅月公主是一名降魔人，心魔为除掉梅月公主，设计逼出了她的三世人格，使其精神错乱，并将杀害国王之罪嫁祸于她。梅月公主在第一世伴侣袁不邪的帮助下，打败心魔。

位于加拿大的深山老林，背负着永生之苦的“金刚狼”罗根隐居于此。在一次与猎人的冲突中，他得到东瀛女子雪生的帮助。雪生是罗根二战期间的旧相识矢志田派来的下属，似乎不久于人世的老友渴望死去之间再见罗根一面。跨越重洋的罗根终于见到在虚弱的矢志田，对方希望他能够保护自己的孙女真理子。随着老人谢世，葬礼上突然战火点燃。罗根在雪生的帮助下拼死救出真理子，而矢志田的儿子信玄似乎另有所图。逃亡途中，罗根意外发现他丧失了自愈的能力，金刚狼最大的危机降临！

汽车人和霸天虎连年不断的战争，给地球带来了莫大的伤害。为此，地球各国联合成立反应部队，针对变形金刚无论正邪一律绞杀。与擎天柱交往甚密的地球人凯德•伊格尔不顾身边人的反对和政府的压力，以一己之力为大黄蜂、钢锁等汽车人提供庇护场所，期间他无意得到一枚徽章，从而将危机引向自身。失踪的擎天柱飘回赛博坦，被变形金刚的创造者昆塔沙捕获并黑化，命令他返回地球寻找至高无上的权杖，毁灭地球，复兴赛博坦。与此同时，威震天和地球政府达成协议，彼此联合追寻凯德及其盟友的踪迹，其目标同样是曾属于魔法师梅林的权杖。　　地球真正的危机终于降临了……

影片聚焦几代赛博坦星人的纷争，故事围绕超能勇士/野兽之战展开，回到1990年代，地球上的战斗不只在汽车人和霸天虎之间，巨无霸、原始兽和龙头部队也参与其中。擎天圣是巨无霸小队指挥官，和威震天领导的原始兽小队展开激战。

帝王组织在险峻未知的地心世界执行一项危险任务时找到了巨兽起源的线索。与此同时，人类计划将所有巨兽从地球上抹去的阴谋渐渐浮出水面，而传说中哥斯拉和金刚两个王者的世纪对决也将一触即发。