2044年的纽约，大反派朗格勾结外星恶势力试图毁灭地球，大量外星人通过神秘传送门入侵，将城市化为灰烬。忍者神龟们虽负隅顽抗仍不敌敌人攻势，死伤惨重。怀抱着忍者最强武器——希望，忍者神龟们决定回到过去时空，找到开启传送门的钥匙，阻止朗格，恢复世界和平。里奥纳多的弟子凯西肩负起这一使命，他在过去时空与女记者艾普利尔·奥尼尔成功接头，并和忍者神龟们汇合，开启了拯救世界的行动。“我们的未来，我们自己做主”忍者神龟们向朗格发起了终极挑战。

故事讲述了一个小镇中的盒怪们“胡作非为”，他们不但偷孩子还会偷粮食偷乳酪，是所有镇民的眼中钉。但实情是，这群怪物一直在抚养一个名为Eggs（伊萨克·亨普斯特德-怀特 配音）的孤儿，他们组成的“摩登家庭”在下水道的世界里生活得很幸福。但小镇居民一心想要除掉盒怪，长大的Eggs只能冒险来到地面之上拯救亲人，也要改变镇民们的顽固思想。