警察三枝健人年幼时曾经历过朋友被绑架杀害的案子，他当时目击朋友被神秘女人带走，虽然他把此事告诉了警方，却不被重视，案子遂成悬案。就这样过了十五年，在该案的追诉时效将到期时，三枝健人从一部已被报废处理的对讲机中听到了声音。那声音的主人，是与三枝健人一样在追查案件的刑警大山刚志，对方谈起与案件相关的线索。起初，三枝健人不相信，但是他到了对讲机中的刑警所说的地方时，竟真的发现了白骨。此后，经过与大山刚志交流，三枝健人得知对方是生活在过去的人，二人通过神秘的对讲机互相帮助共同解决悬案。

「一天又结束了，当人们赶路回家的时候，我的一天才正式开始。菜单只有牆上写的这些，你也可以点你想吃的，我做得出来就帮你做，这就是我的经营方针。营业时间从午夜十二点到早上七点，人们称这儿叫『深夜食堂』。你问会不会有客人来？喔，还不少喔！」 　　安倍夜郎的作品《深夜食堂》以都会区巷弄裡从深夜开始营业的食堂为舞台，将老闆做出的平民料理，与形形色色的客人的故事融合，时而温馨时而忧愁，不仅散发料理的香气，也洋溢最质朴的人情味。 　　不管是黑道大哥的纯情回忆、半红不黑演歌女歌手奋斗史，或是AV男优与家庭的羁绊，都在食堂老闆做出一道道平凡但美味的料理后，故事就展开了。每一集剧情把主轴放在各个阶层、不同身份的客人身上，用人与人的关係将故事连结，用料理带着故事前进，看着看着甚至觉得阖上书本，拿着钱包下楼，走到巷口转角，深夜食堂就在那裡亮着暖暖的黄光，等着你光临。