西宫硝子（早见沙织 饰）生来患有听觉障碍，要依靠助听器和外界交流，口语发音也因此格外的古怪。初中时，硝子转入了一所新的学校，特殊的生理缺陷让她成为了班上引人注目的独特存在，她因此收获了坚实的友情，却也遭到了以男生石田将也（入野自由 配音）为首的小团体的孤立和排挤。随着时间的推移，无心或有意的恶作剧渐渐升级，最终演变成为了无法挽回的伤害，硝子永远的消失在了众人的眼前。 排挤硝子的事情曝光后，将也成为了下一个被欺负的对象，孤独痛苦的他终于理解了硝子的隐忍和温柔，只是他再也没有机会跟硝子道歉了。一次偶然中，将也同硝子重逢了，命运的齿轮重新开始了转动。

位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于寄宿在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手（Imagine Breaker）”，而得到吊车尾的“无能力”的评价，过着充满不幸的人生。而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的少女——“禁书目录（茵蒂克丝）”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件当中。在惊险地解决了统率学园都市的“科学”侧和与茵蒂克丝关联的“魔法”侧双方的事件过程中，他的人际关系也逐步扩展。随后，魔法侧的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到了上条的存在……。科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！

2000年，在被称为“第二次冲击”的大灾害中，地球上近半数的人类失去了生命，世界各地一片狼藉。15年后，人类已经重建了家园，而不明巨型生物“使徒”却又频频来袭。　　14岁的少年碇真嗣应父亲之召从避难地来到第三新东京市，刚到不久，就被卷入了军队和使徒的交战之中，危急时刻，一名美女出现救了真嗣。　　美女是特殊机关NERV的官员葛城美里。葛城将真嗣带到了他的父亲——NERV总司令碇元渡面前。见到久别重逢的儿子，碇元渡并无半句温存的问候，而是直接命令他立刻坐上秘密开发的巨大机器人武器EVA初号机出击击退使徒。　　性格内向又胆怯的真嗣不满父亲的不近人情，不肯出击。然而，当他看到少女驾驶员绫波丽身受重伤却不得不坚持上阵时心中不忍，于是勉强坐上了EVA。　　从未接受过训练的真嗣初次出击，然而他所面对的是一场生死攸关的大战。掌握着世界命运的少年将如何作战？而“第二次冲击”背后的“人类补完计划”的真相又究竟是什么？