舞台是架空的大陆·努纳西亚。悠久的历史记载着无数的国家和文明的兴起、繁荣、战争、灭亡。住在绿意盎然的边境村落·丹德拉的凛，是个稍有些贪吃、充满精神的女孩子。与可靠又温柔的姐姐·梅尔、以世界第一的科学家为目标的科学宅少年·阿尔、严格但满怀关爱的爷爷一起过着平稳的生活。另一边，住在华丽的王都、被人民爱戴着的歌姬·菲妮丝。她虽然作为某位将要继承王位的王子的王妃候补，却在被重重墙壁包围的深宫中孤独度日。这两人有着其他人类所不具备的特殊力量。她们能够演唱出产生治愈伤口、创造出水、点火等各种各样奇迹的歌声。……命运将拥有歌之力量的这两人，分别引导到了残酷的旅程上。当战争的阴影笼罩王国时，即使是奇迹之歌的光辉也被染上了血色。所爱之人的生命被夺走，无声的悲鸣响彻石牢。两人的命运交汇，最后唱出的歌是希望？是绝望？还是……

战舰上尘封在初号机里14年的真嗣终于苏醒过来，与美里、律子、明日香还有东治的妹妹再会。众人口中，真嗣得知自己已沉睡14年，但他发现明日香却一点也没有变化。与此同时，战舰受到EVA的袭击，陆地上，明日香找到真嗣的控制舱，舱内的真嗣再度进入自闭状态，明日香只好拽着真嗣走。此时丽也出现，于是三人一起走向远方。

《福音战士新剧场版:破》描述的是在近未来，14岁的少年碇真嗣驾驶泛用人形决战兵器EVA与神秘的入侵者使徒作战的故事。作为新世纪福音战士新剧场版的第二集，本片延续了前作《福音战士新剧场版:序》的剧情。但与第一集不同，《破》的剧情与95年TV版剧情相比有较大变化。眼镜娘的神秘出场，傲娇女的华丽来袭，三人性格的微妙变化，都已成为曾关注1995年TV版作品的EVA爱好者们的大热话题。本剧场版又名:EVANGELION:2.0 YOU CAN (NOT) ADVANCE.新神棍计划2.0，请别错过。