- 某个黑夜,一名间谍潜入日本警察机关企图盗取一份机密文件,这份文件内容中含有英国“MI6”、德国“BDN”、美国“CIA”,甚至还有“FBI”等各国谍报机构的相关人员名单。千钧一发之际,安室透率领的日本公安赶到,间谍夺车逃跑,高速公路大桥上上演激烈追逐战,其他的车辆也被卷入其中,眼看要酿成惨重事故的瞬间,间谍的车被FBI赤井秀一用来复枪射中,从大桥坠入海中。 第二天,柯南等人来到东都水族馆游玩,他们在巨大摩天轮底下,发现了一位独自一人又负伤的漂亮女子,仔细一看她的两只眼睛的瞳孔颜色不一样,也就是俗称的“阴阳眼”。可是,这位女子已经是连自己名字都不记得的失忆状态,带的手机也已经损坏。为了帮助她找回记忆,柯南等人约好了和她同行。没想到,这一切都被贝尔摩德暗中监视着……
- 2000年,在被称为“第二次冲击”的大灾害中,地球上近半数的人类失去了生命,世界各地一片狼藉。15年后,人类已经重建了家园,而不明巨型生物“使徒”却又频频来袭。 14岁的少年碇真嗣应父亲之召从避难地来到第三新东京市,刚到不久,就被卷入了军队和使徒的交战之中,危急时刻,一名美女出现救了真嗣。 美女是特殊机关NERV的官员葛城美里。葛城将真嗣带到了他的父亲——NERV总司令碇元渡面前。见到久别重逢的儿子,碇元渡并无半句温存的问候,而是直接命令他立刻坐上秘密开发的巨大机器人武器EVA初号机出击击退使徒。 性格内向又胆怯的真嗣不满父亲的不近人情,不肯出击。然而,当他看到少女驾驶员绫波丽身受重伤却不得不坚持上阵时心中不忍,于是勉强坐上了EVA。 从未接受过训练的真嗣初次出击,然而他所面对的是一场生死攸关的大战。掌握着世界命运的少年将如何作战?而“第二次冲击”背后的“人类补完计划”的真相又究竟是什么?