《医者仁心》讲述一家公立三甲医院在一年多的时间里发生的故事。仁华医院副院长武明训（尤勇）雄心勃勃，能力超强，老院长面临退休，他即将接任，为了管理好这家医院，趁去美国出差的机会拜访老同学，美东有名的心脏外科医生钟立行（谢君豪）。钟立行圣诞前夜抢救了一位不愿意接受非人道救助的70岁的心脏移植出现排异反应的患者，并向州器官中心申请再次心脏移植，他的妹妹从外州来探望他，在路上出了车祸，送到他所在的医院，正遇上钟立行的妹妹遭遇车祸，钟立行亲自抢救却无法救活妹妹，妹妹死前签署了器官捐献协议，她的心脏被分配给一位钟立行刚抢救下来的病人。钟立行被妹妹的爱心感动，克制着悲伤，亲自为病人做移植手术，不料患者的女儿突然出现，控告钟立行违背患者意愿，要将他告上法庭。钟立行完全崩溃。

清末，国家不治，潮剧混乱，民不聊生，列强侵犯。满族官员一心想着吃喝玩乐，却不顾百姓死活，对内压迫，对外谄媚。民间兴起武术之风，燕子门，洪武镖局，都是赫赫有名的江湖门派，奈何义和拳运动后期都被朝廷的“十三鹰”灭门，有燕子门人李三幸免于难，寻下报仇多年未果，遇佳人白灵反被诬陷成革命党，家仇国恨，最终他烧了衙门，灭了十三鹰，南下救亡。