铁时空的大战仍未止息，为了保护雷婷，大东委托东城卫首席战斗团团长修带着她先行回到金时空，自己与夏天并肩作战对抗魔界大军，雷婷万般不舍地离开大东。没想到修和雷婷在回金时空的路上却意外遇伏击分散，雷婷失踪！ 而此时终极一班群龙无首，辜战与止戈两兄弟为了当老大展开比武对决。修找到了终极一班，雷婷失踪引发了轩然大波，经过众人努力终于找到雷婷，让她重回老大位置。却发现她性情大变，原来这一切都是一场骗局……

故事延续《终极一班2》结尾中，被改变的金时空未来接续开始。 由于金时空的未来已被雷婷和中万钧改变，因此在本剧中，战力指数和K.O榜也回归。呼延觉罗·修告诉汪大东灸舞盟主新下的指令，要汪大东调查金时空最近战力指数异常飙高的现象， 所有线索都指向芭乐高中，所以盟主传汪大东回去调查的原因，虽然汪大东已经28岁了而且也不想回芭乐高中， 但是汪大东高中并没有毕业，也没有反对盟主的权利，所以只好回芭乐高中继续就学。新的故事也要展开了……

本剧讲述了大东奉盟主之令护送刘备回铁时空，但在过程中发生时空共震，被剧烈冲击力撞击的大东，睁开眼睛，发现自己竟然躺在女子更衣室的椅子上。从金宝三口中得知自己已消失了十年，而在此期间父母以及亚瑟和小雨为寻找自己而下落不明……

风姿绰约的成衣坊老板娘司小念与清苦郎中晏无明喜结连理，然而大婚之日两人却纷纷离开，原来两人都隐藏着一个反转身份——杀手。面对内心的深爱与隐瞒，两人陷入深深的纠葛……

封号南拳王的洪拳武术家暴毙于隧道中的自家车上，尸体并没刀伤或枪伤痕迹，初步监定死于重拳，重案组总督察陆玄心（杨采妮 饰）负责调查，对死因感到不解；此时却收到监狱传来消息，犯了误杀罪的服刑犯人夏侯武（甄子丹 饰），主动表示愿意协助警方调查，条件是即时假释。 “先练拳次练腿，后擒拿用兵器，由内而外”，夏侯武断言凶手行凶目的并非寻仇，且会继续犯案。果然，号称北腿王、擒拿王、兵器王的武术界精英相继遇害，均死于各自成名的武功之下。得到夏侯武提供线索，以及现场遗下的仿古暗器“堂前燕”，陆玄心终于发现凶手藏身之所，这时夏侯武却违反假释令突然失踪。 两个武艺超凡的杀人犯同时在逃，他们是敌是友？两雄相遇，一场巅峰对决势所难免。