女高中生立花萤由于某起事件而半强迫地加入了生存游戏。她被牛郎以及工口漫画家等独具个性的伙伴们包围着，在毫无办法只得进行游戏的过程中感受到了生存游戏的魅力，并以大赛为目标……

世界上发生大规模地球人消失事件，进次郎和玲奈也同时消失了。消失的进次郎和玲奈被传送到了位于卫星轨道的外星人飞船上。自由记者光太郎因为调查“消失事件”之谜知晓了太多，后来惨遭灭口。但有人不希望光太郎就这样死去，于是复活了光太郎。复活后的光太郎变成了超人。外星人恐怖组织“黑暗之星”向世界发出了声明。他们以人质为要挟，要求获得地球公民的权益。科特队为了救出人质，与“黑暗之星”的外星人展开了激烈的战斗。佐菲、杰克、艾斯也赶来帮助科特队解救人质。这一次奥特6兄弟，全员到齐！金古桥降临在涩谷大肆破坏城市。进次郎为了救出所有人质，他团结起大家的力量，众人齐心协力打败了金古桥。金古桥内部的人质也都全部成功获救。

温氏横行，生灵涂炭。江湖仙门义士发动“射日之征”，合力讨伐温氏。“夷陵老祖”魏无羡虽在推翻温氏中立下了汗马功劳，却因修非常道且太过强大而遭人忌惮坑害，致万人唾骂，被情同手足的师弟带人端了老巢，身陨形灭……十三年后，魏无羡被人献舍，并再度与姑苏蓝氏蓝忘机、云梦江氏江澄等旧人相遇，前尘谜团未消，江湖疑云再起。而这一切恩怨情仇，都要从他们少年时说起……

时值1924年春天。距离遮天盖地的大破坏带来的黑暗已经十年，西欧虽然暂时重返和平，但也预告下一次黑暗的到来——少年身处荡漾的孤独波纹之中。由东方国度来到西欧小国·苏瓦尔的山中学园·圣玛格丽特学园，这名少年名为久城一弥。不知为何总是冷淡以待的贵族学生、笼罩整个学园的各种怪异传闻、以及语言与文化的障壁。一弥一边听着周围的人们要求自己认真向学，一边过着有如在薄膜之中挣扎的日子。 　　然而故事终究由一起杀人事件揭开序幕。 　　以此为契机，拥有智慧之泉的少女维多利加在学园的图书馆塔与一弥相遇。少年与少女由此踏入巨大漩涡之中。

进次郎被噩梦所困扰。他梦到了曾经光之巨人奥特曼与怪兽“芝顿”对峙的梦。而且，他现在遇到了全新的问题，那就是日渐增强的奥特曼之力已经渐渐难以控制了。就在这段时间发生了假冒机动奥特曼破坏街道的事件。世界上“奥特曼危机”的舆论愈演愈烈，科特队陷入了口诛笔伐之中。只不过，这些全都是某个外星人的阴谋罢了。其中的幕后黑手居然是艾德！艾德目的只有一个，终结地球人对于奥特曼的信仰。为此，艾德引导进次郎走向成为光之巨人的道路，然后再打败进次郎。 巨大化的芝顿被艾德召唤并与科特队展开了激烈的战斗。奥特六兄弟与玛丽装甲集结，并肩作战。艾德身穿自己的芝顿装甲登场，最后的危机时刻来临。进次郎也穿上了全新的装甲去迎战对手。