繁华时尚的忍者岛，乐高小人们过着快乐无忧的日子，除了……隔三差五会遭到邪恶魔头加满都的入侵骚扰外。当然，幸亏有英勇无畏的幻影忍者，他们一次次挺身而出，与魔王大战，才使得忍者岛免于被邪恶统治的危险。绿色忍者劳埃德是加满都的亲生儿子，不知道他忍者身份的市民们因此经常嘲笑辱骂劳埃德。郁闷的青年只得将一腔怒火撒在以破坏为乐趣的加满都身上。在又一次遭到挫败后，加满都带着威力更强大的军团卷土重来。关键时刻，劳埃德启动了吴大师禁止使用的终极武器，最终给忍者岛带来毁灭性的灾难。为了拯救忍者岛，幻影忍者们跋山涉水，甚至与加满都展开了合作…

六名青少年忍者共同守卫他们的家园——忍者岛。夜晚，他们会化身为忍术高强的勇士，驾驶着炫酷的座驾，对抗各种反派、怪兽，白天，他们则不过是一个个忍受着高中生活折磨的中学生。教导这群少年成为忍者的人，是一位名叫吴大师（成龙配音）的东方武者。然而，这里有一个很大的矛盾——大反派伽玛当（贾斯汀·塞洛克斯配音）与忍者之一的劳埃德（戴夫·弗兰科配音）是一对父子。有一天，他们所居住的地方来了一个更大的敌人——喵怪兽，他体型巨大，轻易就能推倒一幢建筑物，于是父子站到了一边，联手对抗这个敌人。

漩涡博人虽然身为木叶英雄漩涡鸣人的儿子，但博人却并没有因为这样而喜欢父亲，反而一心希望被鸣人否定并有着超越鸣人的想法，于是恳求身为父亲永远对手的宇智波佐助收他为徒，决心写出属于自己的新篇章，让父亲对他另眼相看。

宅男从动画学院毕业后才发觉现实与理想其实是两码事，备受打击的他变的颓废最后连工作也丢了。为了节约开支搬到一处没人敢靠近的废弃厂区生活。终日埋头创作，投稿最终多被退回，随后他又发现退稿作品被杂志社盗用。愤怒的宅男上门找主编理论，理论无果只能回到放弃小屋。某日宅男发现厂区来了大量的武装警察在巡查，宅男在躲避时被发现，顷刻之间枪声四起……

在打败了长久以来的劲敌、终极反派史莱德之后，神龟们也开始面对“成长的烦恼”了，他们不再一起战斗，而是开始专注于自己喜欢的领域，成了四个形单影只的“独行侠”。这种情况让他们的恩师斯普林特异常担心，对于他来说，最重要的就是和四个情同儿子的家人待在一起。尤其是最近纽约市出现了一系列无法解释的古怪事件，让斯普林特更加眉头紧锁…… 原来非常富有的实业家马克西米林安