一桩残忍至极的灭门血案轰动武林，让江湖义士们为之震怒，一晃眼二十年过去，但血案的余波依旧在武林中搅动，将与之有所牵连之人也牵扯其中。傅红雪本以为自己是当年惨案遗孤，一直在沈三娘和翠浓的帮助下追寻事件幕后的凶手，翠浓甚至为此丢掉了性命，然而，让傅红雪没有想到的是，他的真正身世揭露之时，一切都是竹篮打水一场空。叶开是小李飞刀的传人，无意之中发现了自己和血案之间的关联。真凶马空群的行踪渐渐浮出水面，而神秘杀手路小佳亦决定同傅红雪一试高下。

移花宫主邀月因爱成恨，追杀江枫、花月奴夫妇，但追杀途中，江枫、花月奴二人却离奇中毒身亡。邀月一怒定下毒计，把江枫的一双孪生儿子分开抚养，企图令亲兄弟长大后互相仇杀以泄愤。十余年后，这双孪生兄弟长大成人，花无缺在移花宫中被邀月教授超卓武功，而小鱼儿则在恶人谷中长大，从四大恶人身上学得诡计多端，将阴谋诡计运用的炉火纯青。花无缺和小鱼儿分别奉命追寻南天宝藏，二人不期而遇，结成好友，并同时结识了铁心兰、苏樱及张菁等几位姑娘，发展了几段爱恨交缠的爱情故事。最后，邀月逼花无缺与小鱼儿作生死决斗，小鱼儿凭借机智查出邀月奸计，并且揭穿杀父母仇人江别鹤及江玉郎祸害江枫的阴谋，在得知身世后，兄弟二人合力，将众魔消灭。

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《青云志2》阵容由第一季原班人马倾力打造，画风一改之前清新淡雅的风格，“暗黑”色系更平添些许神秘，故事情节也将更加丰富吸睛。全新正魔阵营形成，大战将再次开启。虽然承接了第一季的剧情，风格却大不相同，充满了阴谋与争夺。十年之间，人与事皆有不同，每个人物角色也都成长了许多。陆雪琪（杨紫饰）明白了“天地不仁以万物为刍狗”的真谛，林惊羽（成毅饰）虽有动摇却仍在坚持着自己的正义，曾书书（秦俊杰饰）承担着城主的责任还心系师门。魔教三公子血公子鬼厉、毒公子秦无炎（茅子俊饰）、妙公子金瓶儿（焦俊艳饰）也即将集结上线。