- 京都的舞鹤港口,日本海上自卫队正在举行难得的搭乘宙斯盾驱逐舰体验航海活动。柯南、小兰、毛利小五郎和少年侦探团等人当选,与全国各地聚集来的孩子们一起登上了这艘装载着日本最先进武器的宙斯盾驱逐舰,体验着在电子武装下的高科技舰船上展开的惊心动魄的航海。突然,巨大的爆炸声响起,紧张不安的气氛在舰内蔓延。宙斯盾驱逐舰在表演过程中居然发射出实弹?!不久,海面上漂浮着自卫队员的遗体!而凶手到底会是谁?
- 日本著名造船公司八代商船设计制造了旗下第一艘豪华邮轮爱芙罗黛谛号,为庆祝该邮轮的处女航,八代商船邀请各界名流参加,上到首相下到富豪悉数前来。铃木园子的父母也接到邀请,因行程安排铃木夫妇无法出席,园子于是邀请、毛利小五郎、小兰、柯南等一众好友同行。蓝天白云,美酒佳肴,众人无不陶醉于这美好的假期之中。但是,这注定是一次不寻常的航行。先是园子突然遭人绑架,接着八代商船的女社长贵江被人杀害,与此同时董事长八代延太郎也从船上神秘失踪。此前不久,贵江的丈夫八代英人驾车时突发心脏病冲下山崖。这一连串死亡、失踪案件似乎都与15年前八代商船的沉船事故有关。在层层推理调查之下,隐藏的秘密渐渐浮出水面。
- 堂本一辉是著名的钢琴演奏家,两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴,更斥资建造了堂本音乐厅,准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前,堂本音乐学院的学生相继死去,先是爆炸案,后是单个被杀。园子带着柯南一行人来听排练,认识了女高音歌唱家秋庭怜子,拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险:润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕。然而就是从这些事件中,柯南找到了推理的逻辑:凶手试图把秋庭排除在凶杀外。这边已经正式开演的演奏会浑然不知音乐大厅外已是爆炸连天,小兰、灰原哀以及演奏厅内的一千多人顿时危在旦夕,绝对音感成为了唯一的救命线索。柯南找到了爆炸的逻辑,要在罪犯引爆最后一个炸弹前,把他找出来。
- 6件大范围的连续杀人事件发生在东京周边的数个地区。警方除了目暮警部之外,还派了各县的警员增援,小五郎也参加了搜查会议。此时柯南却因为一个偶然的契机,发现一个警察从会议中离席,并乘上了一辆跑车离去。“黑衣人组织”中的一员居然潜入了搜查会议,琴酒肯定是想乘坐跑车逃走。连续杀人事件莫非是“黑衣人组织”做下的罪恶勾当?事态一触即发!!如果让琴酒知道工藤新一仍然活在这个世上,那么不止新一本人,只要和他扯上关系的朋友们都会被从这个世上抹杀掉。所以在明知危机四伏的情况下,柯南仍然开始单独进行调查。
- 目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手,他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶,而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相,原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈,当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。十年后,服刑期满的村上丈出狱,开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后,毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中,各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑。