《你好，昨天》围绕五个家庭展开，以90年代的小吉街为背景，讲述两代人在平凡琐碎的生活中相互扶持、共同成长，最终收获亲情、友情、爱情的暖心故事。故事的主人公是一群生活在小吉街上的少男少女，在那个还没有被淘宝、微博、朋友圈支配的年代，他们有健力宝、大富翁、魂斗罗，有一群坦诚相待的小伙伴，嬉笑打闹奔跑追逐，有福同享有难同当，一起经历着短暂又美好的青春时光，然后各自悄悄长大。

十万年前，仙界诛仙混战，众神陨落，一本暗藏玄机的《生死天书》落入人间。青年考古学家陆云在一次科考中无意中闯入一间根本无法辨别年代的墓室，至此平静的生活被打破，开始了寻找各种谜团的惊险历程。被天书拖入仙界的陆云以琅邪天玄州州牧的身份掌管玄州城，刚来到仙界就遇上第一个难题，陆云任期将至，玄州各大世家对州牧之位虎视眈眈，为了能继续任职，无法修炼的陆云带着自己的女使潜入玄赤山大墓寻找能够改变体质的九窍金丹，为躲避仇家暗算，陆云和女使潜入墓穴深处，主仆两人先后遭遇千年尸怪的追赶，成群的尸蝇，诡异的石灵后意外躲进一个暗香四溢的女子闺房，画像上的女子美若天仙，陆云下意识的触碰，激发出体内生死天书的力量，谁知画像上的女子竟是上届玄州州牧的丹仙煜影，也是天书中记载的第一位轮回使者。有了丹仙的调养，陆云顺利改变体质，通过与琅邪天帝的谈判暂时保住自己的身份，本以为事情就此告一段落。陆云每晚在梦中总能看见一些不属于自己记忆的片段，一次挽风进入陆云房内，看见沉睡的陆云体内的天书疯狂震动，伴随着周身九龙抬棺之异景。为解开天书之谜，陆云根据书中的提示前往毗邻玄河的玄水城查找真相，此时正值玄河大祭，维持百年的活婴献祭使玄水城早已没了生机，百姓想方设法将幼童藏入暗室，襁褓婴儿更是被放进铺满厚棉花的木箱中，要救孩童，陆云必须潜入玄河一探究竟。满目疮痍的玄河水宫早已被隐藏在黑暗中的乾达婆怪物霸占，陆运等人还未从触目惊心的怪物群中脱险，又受到已经魔化的玄河河神的攻击，为救同伴卿寒，陆云以浮生图为武器，生生逼出体内操控生死天书的力量收服河神，并且又得到了一门新的技能，至此已经是陆云收服第四位轮回使者，每位轮回使者都分别代表了符道、武道、阵法、炼器的等不同方面的最强。陆云步步逼近天书的真相，即便是与天地为敌，四海为伍，此时坐在九重天之上的咒王看着陆云露出微笑：“哼，不自量力的蝼蚁...”

“正打歪着”进入文化公司的运动健将周天，在入职第一天便遇上冷面总裁纪宸，互视为职场克星。现实中如此针锋相对的两人却在爱宠“球球”的牵线搭桥下，互加微信成了“素未谋面”但交谈甚欢的“铲屎官”，一起云养猫。就这样，二人开启了线下互怼、线上互撩的相爱相杀之旅……

支援桃源村诊所的儿科医生叶时蓝，因误会与新任院长陆昭西结下梁子。机缘巧合下，叶时蓝成了陆昭西的临时助理，两人在一起解决医院运营和病患救治等诸多间题的过程中，彼此心生好感，陷入爱情。并在深入的相处和磨合中逐渐成熟，也更深刻地体悟到医生救死扶伤的使命，携手共同成长。

中国女孩万云（刘芸 饰）在姑奶奶万静娴（汪裴 饰）去世以后看见了她当年的日记。日日记里姑奶奶在青年时代的战争经历和情感以及当年800抗战壮士英勇投江的故事，深深打动了万云。她决定沿着当年姑奶奶的脚步，走上寻找真相之路。日本人中村一郎（涩谷天马 Tenma Shibuya 饰）由父亲老中村一手带大。老中村患有老年痴呆症，一直被自己的战争经历困扰着。为了让父亲有个平静的晚年，中村一郎踏上了去马家崖的旅途。两个不同国籍、不同文化、不同经历的年轻人在相同的地点相遇了…… 纪念碑、千人坑、革命纪念馆、老人杨镇江（李立群 饰）的回忆，记忆碎片渐渐拼合，一个尘封已久的抗战故事慢慢浮现在两人面前。