叶子和LISA因为去不去救安静而产生分歧，结果被打晕的安静意外出现在安全屋，叶子坦白自己实为特工队长、安静和吴斌的直属上司。安静表示自己大脑已被R计划严重破坏，现在痛不欲生，希望结束生命。Lisa和叶子意外获得解药救活了安静。叶子和LISA参加最终赌局，混乱之下打死泰山老爷，发现被打死的泰山老爷实为替身。与此同时，安静救走了被当做试验品的吴斌，几经周折，终于将真正的泰山老爷绳之以法。

影片剧情围绕X战警中最受欢迎成员之一的琴·葛蕾展开，讲述她逐渐转化为黑凤凰的故事。在一次危及生命的太空营救行动中，琴被神秘的宇宙力量击中，成为最强大的变种人。此后琴·葛蕾不仅要设法掌控日益增长、极不稳定的力量，更要与自己内心的恶魔抗争，她的失控让整个X战警大家庭分崩离析，也让整个星球陷入毁灭的威胁之中。《X战警：黑凤凰》是迄今为止气氛最紧张、情感最丰富的一部《X战警》电影，是《X战警》系列20年来的集大成之作，大家非常熟悉和热爱的变种人大家庭即将面对最为强大的敌人——而她恰恰还是他们中的一员。

古时候，书生乔溪赴京赶考，巧遇官府小姐蓝秀英，俩人一见钟情。秀英之兄蓝木斯乃一纨绔子弟，整日游手好闲，欺男霸女。他见黄家女儿丽娟生的貌美，伺机抢亲。黄母无奈携女出逃至某客栈，蓝随后带家丁追到客栈，迷路的乔溪则路遇抢亲花轿钻进去，被误为黄女抬入蓝府。一觉醒来的乔溪闻听事由经过，在轿内男扮女装，要戏弄一下飞扬跋扈的蓝公子。秀英非常不满哥哥的抢亲行为，协助乔溪假戏真做。蓝母护犊心切，不听女儿劝阻，反要女儿劝“新娘”就范。当她掀起盖头，发现“新娘”竟是那日路遇的书生乔公子......

狠辣女督察毛收得线报，欲拘捕进行贼赃交易的匪帮，却碰上匪帮内哄，贼赃更被大陆音乐家刘青云拾去。刘因利家当头，故知法犯法，收起赃物。黑白两道皆追查赃物下落，毛先找到刘，但刘扮失忆，毛遂把刘藏于家中，加以保护及医治。刘毛共处，初不咬铉，但因几次共渡意外后，误解渐释。后毛保护刘以至昏迷不醒，刘以音乐令毛苏醒，俩人关系更进一步，刘便交出赃物，让毛破案，匪帮杀手也在刘的演奏会上被捕。毛刘二人感情日渐增进，开始一段浪漫的爱情故事……

承接上集，笔记的秘密被“夺宝团”逐一解开之际，活地图也因保护兄弟身受重伤。危机四伏之时，一位神秘老人带来的讯息竟让团队众人分道扬镳，黑水帮众匪倾巢而出，胁迫夺宝团带路进入“凤凰宝藏”，而这洞中宝物的真面目逐渐浮出……