清朝末年，官吏贪腐，民不聊生，在浙江地方上，有一位蒙面侠士“铁猴子”，两年来劫富济贫，令卖官鬻爵的历任知府叫苦不迭。铁猴子在白天的身份是大夫杨天淳(于荣光 饰)，杨大夫妙手仁心，深得乡邻爱戴。知府为抓捕铁猴子，不惜拷打众多不相干群众，路经此地的黄麒英（甄子丹 饰）、黄飞鸿父子不慎卷入其中，知府见黄麒英身手过人，扣押飞鸿要挟其捉拿铁猴子，黄麒英与铁猴子交手后惺惺相惜。不久朝廷钦差抵浙，听闻铁猴子“作乱”之举后施展大力金刚掌将其击伤，原来这钦差的真实身份是少林叛徒衍空（任世官 饰），身为少林弟子的黄麒英联合铁猴子，誓为少林清理门户。

黄飞鸿夺得狮王争霸金牌后飘然而去，一时间广东会馆高朋云集纷纷做贺，八旗将军府副都统阿兰成都大人登门拜访，原来八国联军欲使用各自的巨型赛狮挑战清廷，为维护国体，黄飞鸿决定出战与阿兰将军共赴国难。梁宽再度惹下事端被黄飞鸿驱逐，无奈只得与鬼脚七等找到在北京办报的十四姨求助，黄飞鸿亦赶到报馆，却与十四姨卷入了红灯照在租界内屠杀洋人的事端，黄飞鸿出手救人，与红灯照大师姐苗三娘一同被德国兵士关押拷打。越狱而出的黄飞鸿从红灯照手中救出了众亲人，然而却因此错过了赛狮，阿兰成都将军孤身战死。黄飞鸿为国为友，满腔豪情二次挑战八国巨狮……

黄飞鸿（赵文卓 饰）夺得狮王争霸金牌后飘然而去，一时间广东会馆高朋云集纷纷做贺，八旗将军府副都统阿兰成都（陈继铭 饰）大人登门拜访，原来八国联军欲使用各自的巨型赛狮挑战清廷，为维护国体，黄飞鸿决定出战与阿兰将军共赴国难。梁宽（莫少聪 饰）再度惹下事端被黄飞鸿驱逐，无奈只得与鬼脚七（熊欣欣 饰）等找到在北京办报的十四姨（王静莹 饰）求助，黄飞鸿亦赶到报馆，却与十四姨卷入了红灯照在租界内屠杀洋人的事端，黄飞鸿出手救人，与红灯照大师姐苗三娘（王菁华 饰）一同被德国兵士关押拷打。越狱而出的黄飞鸿从红灯照手中救出了众亲人，然而却因此错过了赛狮，阿兰成都将军孤身战死。黄飞鸿为国为友，满腔豪情二次挑战八国巨狮……

水师提督顾长风（于荣光 饰）奉朝廷之命带领西班牙舰队探访黑木崖，过程中西班牙领队欲打开东方不败的棺木与视东方不败为偶像的顾长风发生争执。正在此时黑木崖上忽然现身一怪人（刘洵 饰），可以掌接西班牙火枪子弹。顾长风被怪人所救，却身受内伤，坚信其便是东方不败，坚持要一见其真面目，虽死无憾。怪人一偿所愿，让其看自己的庐山真面目，正是当年风采依旧的东方不败（林青霞 饰）。顾长风告诉东方不败江湖上有很多人正在冒充他的名号为非作歹，东方不败于是决定留其性命，让他看着自己重出江湖。与此同时，东方不败旧时爱妾雪千寻（王祖贤 饰）正率领着一群苗人打着东方不败的旗号与日本倭寇就海域问题谈判，雪千寻痴心不改，重组神教只是为了等待爱人归来。

时为八国联军攻占北京，国内进入无政府状态，南方沿海一带更成海盗盘踞的地方，其中以张保仔（易天雄 饰）势力最大。与八国群狮力战后，黄飞鸿（赵文卓 饰）带同父亲、徒弟及十四姨等南归广州，与等候多时的十三姨（关之琳 饰）、猪肉荣（郑则仕 饰）、牙擦苏（郭晋安 饰）于乱世中重逢，实在别有一番滋味；期间，十三姨与十四姨（王静莹 饰）竟为讨黄飞鸿欢心闹出不少笑话。不久，黄飞鸿擒得一贼谢四宝，以图押送到衙门，此际他才发现大老爷早已弃官而逃，从中了解谢四宝乃衙中名捕，他冒险偷粮的目的只是拟作差饷发放，以振军心维持法纪，黄有感其为人豪气万丈，遂鼎力支持打击海盗活动，并大举直捣海盗巢穴鳌头堡，与传奇人物张保仔拼一死战。