这一集中，食死徒开始肆无忌惮横行于麻瓜和魔法两个世界中，霍格沃茨内忧外患，危机重重。邓不利多（迈克尔·甘本 Michael Gambon 饰）带着哈利（丹尼尔·雷德克里夫 Daniel Radcliffe 饰）辗转找到隐居多年的鲁弗斯·斯克林杰，请他出山接替斯内普（艾伦·里克曼 Alan Rickman 饰）担任魔药学的老师。鲁弗斯曾经教授过无数优秀的学生，而汤姆·鲁斯——伏地魔——正是他最出色的一名弟子。邓不利多深信鲁弗斯保有伏地魔不死身的秘密，他希望哈利能够说服鲁弗斯。 另一方面，德拉科·马尔福（汤姆·费尔顿 Tom Felton 饰）宣誓效忠伏地魔，他想方设法将食死徒引入霍格沃茨。而此时，罗恩（鲁伯特·格林特 Rupert Grint 饰）、赫敏（艾玛·沃特森 Emma Watson 饰）他们却还沉浸在青春的躁动中，全然不知黑暗正渐渐逼近……

特工斯特拉顿的同事马蒂在一次任务中不幸丧生。斯特拉顿就此得知一名叛逃了的前苏联特工巴罗夫斯基拥有一批极为危险的生化武器，如今，他企图用这批生化武器来事实复仇大计。为了阻止巴罗夫斯基的阴谋，斯特拉顿来到了罗马。汉克是马蒂最好的朋友，亦是行动小队中的一员，仇恨冲昏了他的头脑，他的失误导致整个行动计划失败了，巴罗夫斯基从他们的眼皮子底下逃之夭夭。一行人只得再度回到伦敦，重新计划，留给他们的时间不多了。

哈利进入与伏地魔意识连通的幻境，找到了一些魂器，但也让伏地魔发觉了他们的行动。哈利又一次进入幻境后推断出伏地魔的居所，三人来到了此地。他们看到伏地魔命令毒蛇除掉斯内普，以把长者杖魔力传给自己。弥留之际，斯内普把记忆送给哈利，原来他一直爱着哈利的母亲莉莉，因此从来都是站在邓布利多一边。 哈利披上隐身斗篷去与伏地魔战斗，发现海格被押作人质。哈利一现出身来就被一咒击倒，醒来时彷佛进入一个生与死的边缘，碰到已死的邓布利多。哈利发觉咒语正巧击溃了藏在自己体内的那一部分伏地魔的灵魂。伏地魔命令海格把貌似死了的哈利带回霍格沃茨，杀杀士气。哈利趁乱披上隐身斗篷，纳威敏捷地抽出葛来芬多剑砍掉了毒蛇娜吉妮的脑袋，藏在毒蛇体内的伏地魔最后一个魂器就这样被毁掉。哈利在大殿里面直面伏地魔，长老杖在伏地魔手中。哈利猜测长老杖原来的主人不是斯内普而是马尔福，解除邓布利多武装的是马尔福，而斯内普只是依照邓布利多的愿望把他杀掉。然而解除掉马尔福武力的人却是哈利，所以长老 杖真正的力量在哈利这里。所以伏地魔用长老杖对哈利施死咒时，哈利让死咒又反弹到伏地魔身上，伏地魔就这样被结果了。 19年后，哈利和金妮有了三个孩子，罗恩和赫敏也有两个孩子。两家人在国王十字车站送孩子去霍格华茨学校，在这里他们遇见了不少故人。最终，哈利摸着前额上的闪电形疤痕，19年了，这块疤痕再也没有痛过。一切都好。

哈利波特是一个孤儿，从小寄养在姨妈家，受尽欺凌。但就在哈利11岁生日的时候，他意外收到了霍格沃茨学院的入学通知书。哈利从该学院派来接他的巨人海格口中得知，这是一间魔法学院，并得知了自己的身世，原来哈利的父母都是伟大的魔法师，在对付伏地魔的战斗中双双献身，唯有哈利幸免于难。 哈利进入霍格沃茨后，表现出了超乎想象的飞行天赋，得到麦格教授的推荐进入了格兰芬多的魁地奇球队。另一方面，哈利发现霍格沃茨学院内有一股黑暗势力似乎在暗暗滋长，揭开谜团的关键就在有凶恶的三头犬守护的房间内。 哈利、罗恩和赫敏三个好朋友决定探个究竟。

逃过摄魂怪的追杀，通过魔法部的审查，哈利（丹尼尔·雷德克里夫）终于回到美丽的霍格沃兹。然而这个学期并不轻松，他不仅要完成魔法等级考试，还要应对夜晚的噩梦和黑魔法防御课老师乌姆里奇的打压。在好友的支持下，哈利秘密组建了邓不利多军团，与大家一起练习黑魔法防御术。 噩梦中，哈利总是以伏地魔的视角出现，似乎他们之间有着某种神秘的联系。在邓不利多（迈克尔·刚本）的指示下，哈利向斯内普教授（阿伦·瑞克曼）学习封闭术，却鲜有成效。终于在一次噩梦的诱使下，哈利偏执的赶往魔法部营救小天狼星，却不想陷入伏地魔的圈套，引发凤凰社与食死徒之间的正面冲突。在混战中，小天狼星（加里·奥德曼）不幸遇难。 究竟哈利与伏地魔（拉尔夫·费因斯）之间有着怎样的联系？在悲恸中，邓不利多为哈利揭开谜底，哈利还有更长、更艰难的路要走……