明朝崇祯皇帝登基后，权倾天下的大太监魏忠贤被弹劾辞官，阉党覆灭。锦衣卫授命追捕阉党。锦衣卫卢剑星、沈炼、靳一川三人是结拜的兄弟，感情非常好。大哥卢剑星非常希望自己能够升到百户的职位，二哥沈炼暗恋着教坊司的女子周妙彤，三弟靳一川则有着不可告人的过去被人攒在手里。一天，内宫太监赵靖忠秘密找到三兄弟，要他们奉皇命去追杀要出京流放的大太监魏忠贤。一场追杀之后，三人带回了大太监魏忠贤的尸首，本以为凭此大功，三人的夙愿皆可实现。没想到这一切只不过是一个阴谋的开始，三人即将落入更加危险的境地。 

该剧讲述了民国初期，扬州“太液池”扦脚师萧八腊子因替江南省督军大帅治好了脚疾。为了查清老丈人“神刀六”的冤案，被大智若愚的督军委任为代县长，阴错阳差误入官场的故事。

本剧根据徐克执导的3D武侠电影《龙门飞甲》改编，延续了龙门客栈的传奇，结合了宫闱之争的秘史，既是一场刀光剑影，尔虞我诈的乱世江湖，又是一段腥血雨，勾心斗角的深宫谍影。

杨逸医馆刚刚开张却无端卷入嗜睡症的怪病风波。警方下令严查此事，找出事情的根源所在。徐墨然主动请缨全权负责，怀疑或许与之杨逸相关，暗中潜入诊所盗取证物，却发现只是一些很常见的药材，两者并无关联。案件一时之间断了线索陷入困境…… 杨逸在乔兰和乔琴的帮助下，研制出可以有效地缓解嗜睡症的汤药，使病情得到了有效的缓解。担心父亲身体的徐墨然邀请杨逸前往徐府查看徐知事的病情。杨逸在诊治的过程中无意之间发现，徐知事床边散落的一些花粉，若有所思，决定以此为线索着手追查。正当杨逸与徐墨然一步步接近事件真相的同时，慕容南与灵元天尊正在酝酿着更大的阴谋，而这一切都与降龙戒息息相关……

被犬神附身的陈家少主陈奇和他的家臣夜神，趁机来到看守禁地，准备偷取侍魂瓶。犬神借司徒然对他的信任偷取其手印，而后利用忍符和司徒然的手印终于让侍魂瓶现身。另一边司徒然从千姬夫人的歌曲中醒过神来，发现犬神附身的陈奇不见了，赶忙出来寻找，惊觉自己对陈奇情愫更浓。蚀月之夜，犬神设法将侍魂瓶调换，被司徒然识破。司徒然用结界困住犬神，同时怨魔设法让司徒然用驱魔箭射伤犬神。犬神以为司徒然和怨魔相互串通，两人之间误会越来越深。大战结束，犬神为了不拖累陈奇，思来想去最终让司徒然将它收服到侍魂瓶内。最后司徒然带着侍魂瓶，和陈奇夜神结伴去了金陵……