城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克 Pete Ploszek 饰）、拉斐尔（阿兰·里奇森 Alan Ritchson 饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德 Jeremy Howard 饰）和米开朗基罗（诺尔·费舍 Noel Fisher 饰）与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔（梅根·福克斯 Megan Fox 饰）、韦恩·芬威克（威尔·阿奈特 Will Arnett 饰），及面具义警凯西·琼斯（斯蒂芬·阿梅尔 Stephen Amell 饰）并肩作战打击恶徒。在史莱德（布莱恩·泰 Brian Tee 饰）逃脱拘留后，他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼（泰勒·派瑞 Tyler Perry 饰）及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合，发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时，他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗，神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。

在忍者世界的背景下，主人公及伙伴们努力战胜各种威胁，守护村庄和整个世界的和平！年轻忍者卡伦与他的伙伴们，通过不懈努力和团结合作，用自己的力量守护村庄的和平，面对各种挑战，展现出坚定的意志和正义的精神。

距离鸣人跟随自来也离开村子外出修行已经过去了两年半。时光流逝，修行归来的鸣人与已经成长了的伙伴们再次重逢，并继续朝着“成为火影”的目标而努力着。与此同时，曾经计划捕获九尾妖狐的忍者组织“晓”，也在长时间的沉默后终于开始行动，将目标指向了拥有“尾兽”的忍者村。鸣人与“晓”，双方之间的冲突一触即发。自《火影忍者疾风传》播出的时点起，已共有8部火影忍者剧场版上映。加上《火影忍者》第一期时上映的3部剧场版，合计11部。

武艺高强的吴大师秘密训练了4位擅长幻影旋转术的幻影忍者，他们正在寻找4件威力无比的黄金幻影武器，以维护世界和平。邪恶魔王加满都和他的骷髅军团紧随其后，企图夺走武器并作恶世界。勇敢的幻影忍者们踏上征途、一路战斗、征服神龙穿行地下世界、运用强大的幻影旋转术来夺回正义的黄金武器。

随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子博人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待博人，但博人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 博人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突...