皮卡特舰长获知百科中尉在巴库星球被掳为人质后立刻率企业号前往营救。当他们来到巴库星球，整个星球上只居住了六百名巴库人，与世隔绝、摒弃科技、崇尚和平，过着纯朴的生活；百科被掳不像是巴库人的作风，想必另有隐情。皮卡特舰长遇到一名叫做安妮的巴库女子，经由她得知巴库人虽然看起来年轻，星球的原居民巴库其实年龄都已经超过三百岁了。面临老化的索纳人，发现巴库人长生不老的秘诀再于巴库星球外围的特殊放。

变种人的领袖X教授主张对人要宽容，万磁王相信适者生存的理论。两人的想法南辕北辙，将整个变种人的世界推进到最紧的状态，战争已经一触即发。经过几番周折和惊心动魄的战争之后，最终金刚狼还是将“凤凰女”忍痛杀掉，以结束灾难。但是，面对大恶人“万磁王”的阴谋和“凤凰女”可怕的超级力量，新老X战警们还是吃尽了不少的苦头。

年轻的银龙Lung受够了一直躲在丛林中。他渴望向老一辈证明他是一条真正的龙。当人们即将摧毁他家族最后的退路时，龙与妖精女孩索蕾尔秘密踏上了冒险之旅。他想找到龙族神秘的避难所“天堂边缘”。在他们的探索过程中，Lung和Sorrel遇到了Ben，一个假扮龙骑手的孤儿和流浪者。Ben和Lung很快成为朋友，而Sorrel变得越来越可疑，并试图抓住每一个机会摆脱这个孤儿。但在Nettlebrand追捕时，这三人组必须学会齐心协力。恶毒的食龙怪要追踪并消灭地球上所有的龙……

某变种人杀手冲破了层层警戒线，意欲刺杀总统，幸好保镖关键的一枪，转危为安。关于变种人的问题，X教授（帕特里克·斯图尔特 饰）和史崔克将军发生了争执。金刚狼罗根（休·杰克曼 饰）回到了X教授的训练学校，见到了昔日好友暴风女（哈莉·贝瑞 饰）。后来，暴风女和简接到X教授的命令，前去调查刺杀事件的主谋。此时，训练学校却遭到史崔克（布莱恩·考克斯 饰）将军的突袭。后者还对塑料监狱服刑的万磁王（伊恩·麦克莱恩 饰）下手，激发其复仇之火。万磁王手下的蛇蝎女易容潜入司令部，盗取了秘密文件。在蛇蝎女的帮助下，万磁王越狱成功，对金刚狼讲述了他变身的缘由，令其大为震惊。期间，万磁王挟持了X教授，并利用催眠术实施邪恶的复仇计划……

具有特殊能力的一群变种人组成了一个维护世界的小组——X战警小队。成员包括能吸收对方记忆的小淘气（安娜·帕奎因 饰）、双眼能放致命射线的独眼狼、能随意控制气候的暴风女（哈莉·贝瑞 饰）、具有隔空取物和瞬间移动能力的琴葛蕾（法米克·詹森 饰）。 不久，金刚狼（休·杰克曼 饰）也出现了。不过金刚狼脾气暴躁、独来独往，X战警小队想极力拉拢金刚狼加入队伍，无奈孤傲的金刚狼一时也没有答应。邪恶轴心能控制磁力和地球引力的万磁王此时也在极力拉拢金刚狼，X战警小队不仅要费尽心思对付万磁王，还要小心亦正亦邪的金刚狼。他们能否取得最后的胜利？