2044年的纽约，大反派朗格勾结外星恶势力试图毁灭地球，大量外星人通过神秘传送门入侵，将城市化为灰烬。忍者神龟们虽负隅顽抗仍不敌敌人攻势，死伤惨重。怀抱着忍者最强武器——希望，忍者神龟们决定回到过去时空，找到开启传送门的钥匙，阻止朗格，恢复世界和平。里奥纳多的弟子凯西肩负起这一使命，他在过去时空与女记者艾普利尔·奥尼尔成功接头，并和忍者神龟们汇合，开启了拯救世界的行动。“我们的未来，我们自己做主”忍者神龟们向朗格发起了终极挑战。

在位于婆罗洲的原始丛林中，比尔带领着他的探险小队穿行于其中，寻找着一种名为“血兰”的珍稀植物。在记载中，血兰拥有着能够使人长生不老的神秘力量，“几乎从未有人获得过它”的传闻也令血兰逐渐成为了传说。这一次，受一家著名的医药公司所托，比尔一行人决定揭开血兰的神秘面纱。在离目标越来越近的同时，危险也不期而至。血兰的力量没有使人类返老还童，却将一群蛇类变得凶猛而恐怖，为了挪动巨大的身体，它们不得不吃下比以往多达数倍的食物，而此时冒昧来访的人类，成为了它们最好的猎物。一边是丛林中恶劣的生态环境，一边是穷凶极恶的食人恶兽，同伴们一个接着一个的悲惨死去，比尔最终能够自保，并且挽救更多的生命吗？