枪神记讲述了基因锁作为一项神秘降临的超时代科技，它能促使人体机能在速度、力量、感官等得到空前强化。成功打开基因锁的人成为新时代的“特工”，而特工中的佼佼者们被称为——“枪神”。围绕基因锁这一新型军备，各势力激烈斗争，纷纷成立学院培育特工。随着实验的突破与应用，同时来自神秘种族的胁迫，更让世界逐步陷入战争的泥沼...战乱结束之后，神秘种族消逝殆尽，特工、枪神更成为无从证实的都市传说，仅剩的两大特工组织“深海”与“荒蛇”分别将基地迁移至海底和地下，互不相扰。然而一派和平景象下，实则危机四伏。

四个来自不同地方的小朋友小笛、小玥、小鑫、大龙为了学习武术，在嵩山相遇并成了好朋友。他们的武术教练潘勇保管着神珠“玥”，这是一颗拥有神力的宝物，善良的人得到它就能造福天下，而邪恶之人得到它却能为害四方。