战舰上尘封在初号机里14年的真嗣终于苏醒过来，与美里、律子、明日香还有东治的妹妹再会。众人口中，真嗣得知自己已沉睡14年，但他发现明日香却一点也没有变化。与此同时，战舰受到EVA的袭击，陆地上，明日香找到真嗣的控制舱，舱内的真嗣再度进入自闭状态，明日香只好拽着真嗣走。此时丽也出现，于是三人一起走向远方。

2000年，在被称为“第二次冲击”的大灾害中，地球上近半数的人类失去了生命，世界各地一片狼藉。15年后，人类已经重建了家园，而不明巨型生物“使徒”却又频频来袭。　　14岁的少年碇真嗣应父亲之召从避难地来到第三新东京市，刚到不久，就被卷入了军队和使徒的交战之中，危急时刻，一名美女出现救了真嗣。　　美女是特殊机关NERV的官员葛城美里。葛城将真嗣带到了他的父亲——NERV总司令碇元渡面前。见到久别重逢的儿子，碇元渡并无半句温存的问候，而是直接命令他立刻坐上秘密开发的巨大机器人武器EVA初号机出击击退使徒。　　性格内向又胆怯的真嗣不满父亲的不近人情，不肯出击。然而，当他看到少女驾驶员绫波丽身受重伤却不得不坚持上阵时心中不忍，于是勉强坐上了EVA。　　从未接受过训练的真嗣初次出击，然而他所面对的是一场生死攸关的大战。掌握着世界命运的少年将如何作战？而“第二次冲击”背后的“人类补完计划”的真相又究竟是什么？

《福音战士新剧场版:破》描述的是在近未来，14岁的少年碇真嗣驾驶泛用人形决战兵器EVA与神秘的入侵者使徒作战的故事。作为新世纪福音战士新剧场版的第二集，本片延续了前作《福音战士新剧场版:序》的剧情。但与第一集不同，《破》的剧情与95年TV版剧情相比有较大变化。眼镜娘的神秘出场，傲娇女的华丽来袭，三人性格的微妙变化，都已成为曾关注1995年TV版作品的EVA爱好者们的大热话题。本剧场版又名:EVANGELION:2.0 YOU CAN (NOT) ADVANCE.新神棍计划2.0，请别错过。